Benteng Tolukko memiliki nama asli Santo Lucas, dibangun pada tahun 1540 oleh Francisco Serrao yang merupakan seorang panglima yang berasal dari Portugis. Karena kesulitan pelafalannya, masyarakat pulau ini pun kemudian menyebut Tolukko. Ada sumber yang mengatakan bahwa nama Tolukko diambil dari nama penguasa kesepuluh Kesultanan Ternate yaitu Kecil Tolukko yang memimpin pada tahun 1692.