Bandara Sultan Babullah Ternate mulai dibangun oleh pemerintah pada tahun 1970 

Lahan yang dipergunakan dalam pembangunan Bandara ini merupakan perkebunan cengkeh. Tahap awal pembangunan fasilitas landasaan pacu dengan dimensi (P x L) 1.100 x 30 M dan bahu landasan 2 x (110 x 60 M); 

Diresmikan oleh Menteri Perhubungan Frans Seda pada tahun 1971 dengan nama “Pelabuhan Udara Sultan Babullah Ternate”. Kemudian, pada tahun 1977 terdapat perubahan nama menjadi “Bandara Sultan Babullah Ternate” dan sampai saat ini masih menggunakan nama tersebut.

Pemilihan nama Bandar udara Sultan Babullah, merupakan salah satu bentuk penghargaan terhadap Sultan Babullah sebagai pahlawan yang gigih melawan penjajah. Sultan Babullah (tulisan Eropa : Sultan Baab) adalah sultan dan penguasa Kesultanan Ternate ke-24 yang berkuasa antara tahun 1570-1583, dikenal sebagai Sultan Ternate dan Maluku terbesar sepanjang sejarah, yang berhasil mengalahkan Portugis dan mengantarkan Ternate ke puncak keemasan di akhir abad ke-16. Dijuluki sebagai penguasa 72 pulau berpenghuni yang meliputi pulau-pulau di nusantara bagian timur, Mindanao Selatan dan Kepulauan Marshall.